Frag Xtal Screen
O kit FragXtal Screen fornece 96 fragmentos diferentes dentro dos poços destinados a proteína de placa de cristalização (MRC 3 Well Plate, #CPL-149). Dois poços de proteínas contém 50 nmol do fragmento, enquanto o terceiro poço é mantido livre. Isto permite variar solução de estabilização, e.g. conteúdo de DMSO. Triagem por cristalografia e os dados estruturais coletados são informações confiáveis apenas para verificar a ligação do fragmento para estratégias de planejamento baseado na estrutura. Demonstrou-se que ensaios bioquímicos ou biofísicos rotineiramente aplicados como pré-testes retornam diferentes hits, com mínima sobreposição, resultando na eliminação de candidatos promissores. [1-3]. O kit FragXtal Screen foi desenvolvido para coleta direta de dados estruturais de cristais proteicos após contato com os 96 diferentes fragmentos.
CONTEÚDO
Uma placa de 96 poços contendo 96 diferentes fragmentos na forma liofilizada.
PROTOCOLO
Apenas para uso in vitro!
Fragment Soaking
- Remova com cuidado o selo plástico
- Adicione 30 µL da solução de cristalização no reservatório (manualmente ou com auxílio de robô)
- Adicione 0.5 µL da solução de cristalização sobre os fragmentos liofilizados (manualmente ou com auxílio de robô)
- Adicione 1-2 cristais por gota
- Feche (selo plástico) e incube por 1-48 h
- Coleto e crio-preserve ao menos 1 cristal por condição
Este kit foi desenvolvido em cooperação com o HZB MX-Group no BESSY II (AG Weiss) e Instituto de Química Farmacêutica - Universidade de Marburg (AG Klebe)
TRANSPORTE E ARMAZENAGEM
Transportado em temperatura ambiente
Armazenada à -20 °C (embalagem de alumínio)
DOCUMENTOS
Frag Xtal Screen - Manual (En)
Frag Xtal Screen - Screen Formulation (En)
Referências/Literatura recomendada
- HUSCHMANN, F.U.; LINNIK, J.; et al. Structures of endothiapepsin-fragment complexes from crystallographic fragment screening using a novel, diverse and affordable 96-compound fragment library. Acta Crystallographica Section F: Structural Biology Communications, v. 72, p. 346–355, 2016
- SCHIEBEL, J.; RADEVA, N.; et al. Six Biophysical Screening Methods Miss a Large Proportion of Crystallographically Discovered Fragment Hits: A Case Study. ACS Chemical Biology, v. 11, n. 6, p. 1693–1701, 2016.
- SCHIEBEL, J.; RADEVA, N.; et al. One Question, Multiple Answers: Biochemical and Biophysical Screening Methods Retrieve Deviating Fragment Hit Lists. ChemMedChem, v. 10, n. 9, p. 1511–1521, 2015.
- Neutralization Buffer (adicionar RNAse A antes do uso e armazenar à 4°C);
- RNase A (armazenar à -20°C);
- Activation Buffer;
- Washing Buffer (adicionar Etanol 96-99%, conforme indicação);
- Elution Buffer;
- Binding Columns;
- 2 mL Collection Tubes.
Temperatura ambiente (exceto RNAse – armazenada à -20°C)
Manual 2
Manual 3
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